- a -

• approx_equal() : dialect

- b -

• bentLinkShapeCwFromStartingPt() : dialect
• buildAllChainsInGraph() : dialect
• buildGraphFromTglf() : dialect
• buildGraphFromTglfFile() : dialect

- c -

• chooseBestPlacement() : dialect
• CompareActiveEvents() : dialect
• constraintsRemovingRedundantEqualities() : vpsc

- d -

• doHOLA() : dialect
• doNearAlignments() : dialect

- g -

• generateVariables() : cola
• generateVariablesAndConstraints() : cola

- i -

• identifyRootNode() : dialect

- l -

• logically_equal() : dialect
• lookupMinimalBendSeqs() : dialect
• lookupQuadActions() : dialect

- m -

• makeStemsFromLeaves() : dialect
• manhattan() : dialect

- o -

• operator &() : dialect

- p -

• partition() : dialect
• peel() : dialect
• possibleCardinalDirections() : dialect
• projectOntoCCs() : cola

- r -

• reattachTrees() : dialect
• removeoverlaps() : vpsc

- s -

• shapeOfLink() : dialect
• solve() : cola
• string_format() : dialect

- w -

• writeStringToFile() : dialect